История института богата на события. В 1959 году был произведен физический пуск исследовательского реактора ВВР-М, а в 1970 году введен в эксплуатацию протонный синхроциклотрон СЦ-1000 с энергией пучка 1 гигаэлектронвольт, что в то время соответствовало возможностям ведущих мировых центров. Одновременно с созданием базовых установок шло и строительство зданий и сооружений, прокладка дорог и инженерных сетей, возводились объекты социально-бытовой сферы. И все это практически с нуля – в лесном массиве, не имеющем никаких систем энергообеспечения. В 2011 году ПИЯФ вошел в состав Национального исследовательского центра «Курчатовский институт». В 2014 году состоялся физический пуск циклотрона Ц-80, на базе которого планируется создать изотопный комплекс по производству радионуклидов и радиофармпрепаратов для медицины. Эта установка позволит нарабатывать широкий спектр радионуклидов, необходимых для ядерной медицины. На базе циклотрона планируется создать центр лучевой терапии злокачественных опухолей органов зрения.
В 2021 году состоялся вывод высокопоточного исследовательского реактора ПИК, который, по экспертным оценкам, в ближайшие 20-25 лет останется уникальным и самым мощным в мире, на энергетический режим работы, старт запуску реактора дал лично президент России Владимир Путин. В конце 2020 года введена в эксплуатацию уникальная научная установка «Международный центр нейтронных исследований на базе высокопоточного реактора ПИК» (УНУ «МЦНИ ПИК»).
С самого начала, еще при создании филиала, руководство Физтеха исходило из принципа организации комплексного центра, проводящего исследования с использованием ядерных излучений в интересах максимально широкого круга научных дисциплин. За годы существования институт сохранил эту традицию. НИЦ «Курчатовский институт» - ПИЯФ сегодня – это многопрофильный научный центр, ведущий фундаментальные и прикладные исследования в области теоретической физики, ядерной физики, физики элементарных частиц, физики конденсированного состояния, нейтронной физики, квантовой химии, молекулярной медицины и биологии, физики и техники реакторов и др.
В институте в разные годы работали ведущие ученые, известные не только в России, но и во всем научном мире – Л.И. Русинов, В.Н. Грибов, С.Е. Бреслер, В.М. Лобашев, Г.М. Драбкин, С.В. Малеев, А.А. Ансельм, В.А. Назаренко, Л.Н. Липатов и другие. Их имена навсегда вошли в историю Российской науки. А.А. Воробьев, А.П Серебров, Б.Г. Турухано, С.В. Кириллов, Г.Д. Алхазов и др. - сегодняшние легенды института. Немало и молодых талантливых ученых сегодня работают в стенах «Курчатовский институт - ПИЯФ».
Институт является крупнейшим градообразующим предприятием города Гатчины. Так, с 1956 по 2002 год им было построено 42 жилых дома на 2,5 тысячи квартир, общей жилой площадью – 150 тыс. кв. метров. К 1980 г. жилой фонд, построенный институтом, составлял около 30% благоустроенного жилого фонда Гатчины. Также были построены 5 детских садов и 2 школы, которые впоследствии были переданы городу, спортивно-оздоровительный комплекс с 3 спортзалами и 2 бассейнами, гостиница «Академическая» на 90 номеров.