Вклад Анатолия Михайловича Балагурова в развитие отечественной нейтронографии высоко оценен коллегами и государством. Его работы широко известны в России и за рубежом. Автор более трехсот научных работ, Анатолий Михайлович Балагуров ведет активную педагогическую деятельность. Под его руководством защищено 11 кандидатских диссертационных работ и большое число студенческих дипломных проектов.
А.М. Балагуров активно занимался развитием приборной базы на импульсных реакторах ИБР-30 и ИБР-2. В 1982 году интернациональной группой физиков ЛНФ во главе Анатолием Михайловичем был создан дифрактометр с рекордной светосилой ДН-2, на котором проводились эксперименты по самому широкому спектру направлений: биологические мембраны, магнитные структуры, суперионные проводники, сегнетоэлектрики, эксперименты в реальном времени и т.д. В частности, под руководством А.М. Балагурова на ДН-2 были выполнены крупные циклы исследований доменной структуры ряда сегнетоэлектриков и сегнетоэластиков, структуры нового класса суперионных кристаллов с водородными связями, процессов сорбции и десорбции воды мультиламеллярными липидными структурами, несоизмеримо модулированных кристаллов, высокотемпературных сверхпроводников с изоморфными замещениями.
Под руководством Анатолия Михайловича в 1992 г. был также создан уникальный Фурье-дифрактометр высокого разрешения ФДВР для прецизионных исследований кристаллической структуры твердых тел, который до сих пор является одним из лучших нейтронных дифрактометров в мире.
Вручение А.М. Балагурову медали Российского Нейтронографического Общества «За выдающийся вклад в развитие нейтронного рассеяния» - знак несомненного признания заслуг ученого со стороны российских коллег.